食物的消化主要是在小肠中进行的。在小肠中,来自肝脏和胰腺的消化液和食物混合在一起,随着小肠的蠕动,混合物被不断地搅拌,最终被分解为小分子物质。随后小分子物质被小肠上皮吸收,并随血流到达身体各部需要能量的器官。水样食物残渣和分泌液通过小肠进入大肠(结肠),其中的绝大部分水分在大肠中被吸收。固体的、难于消化的食物残渣则作为大便被排出体外。
当小肠发炎时,小肠的消化和吸收功能都下降。这样,未被消化吸收的营养物质随同胆汁盐一起,被直接排至大肠。根据小肠炎症范围和程度的不同,排至大肠的营养物质的量也不同。这一点可用来解释为什么克罗恩病患者会有营养不良。此外,如果大肠没有病变,没有被消化的食物进入大肠也会影响水的重吸收。因此,即使克罗恩病仅累及小肠,也会导致腹泻和营养不良。如果克罗恩病同时又累及大肠,则腹泻会更严重。
溃疡性结肠炎的患者只有大肠受到累及,而小肠功能正常。因为大肠被炎症波及,水的重吸收不能正常进行,所以腹泻往往较克罗恩病重。